Sifon sisteminde yaşanan arızalar, görünürde küçük olsa da sürekli su akıtma, taşırma veya hiç dolmama gibi durumlarla günlük kullanımı doğrudan etkiler. Rezervuar içinde kaçak devam ediyorsa, fark edilmeden ciddi su israfı oluşabilir. Bu nedenle sifon tamiri, arızanın kaynağını doğru tespit ederek iç takımın uygun şekilde ayarlanması veya gerekli parçanın değiştirilmesiyle kalıcı hâle getirilmelidir.
Genellikle conta aşınması, şamandıra ayarı veya boşaltma grubunun tam oturmaması nedeniyle olur. Rezervuar içi kontrol edilerek sızıntı noktası netleştirilir.
Buton mekanizması, kaldırma teli veya iç takım bağlantıları gevşemiş olabilir. Parça uyumu kontrol edilerek doğru ayar yapılır.
Şamandıra arızası, vana kısmında kireçlenme veya filtre tıkanıklığı görülebilir. Temizlik ve parça kontrolü ile dolum normale döndürülür.